Le deuxième volet important du programme de l'IDEP concerne la recherche portant sur des problèmes de développement économique; il complète le programme de formation et répond essentiellement aux besoins de ses communautés de décideurs et des autres parties prenantes. Par conséquent, le programme de recherche de l'IDEP est conçu aux fins d'entreprendre des études d'appui qui permettront d'étayer ses programmes de formation ainsi que les autres fonctions d'interface. Il y a trois types de recherche : la recherche institutionnelle, la recherche collaboratrice; la recherche individuelle;
La recherche porte notamment sur les grands domaines prioritaires suivants :
la structure économique ;
les réformes de politiques ;
la coopération et l'intégration régionales ;
la planification du développement ;
la réforme du secteur public ;
la privatisation ;
la dette et la gestion de la dette,
la modélisation macro-économique et sectorielle ;
le développement et l'utilisation des ressources humaines.